中心发展历程大致可分为三个阶段：
第一阶段：1931年〜2008年
         本中心的实践和实验教学活动可以追溯到1931年，河南大学史学系的部分师生以田野考古实习的名义参加了殷墟的第四次发掘。河南大学也因此成为中国考古史上第一个参加田野考古实习的高校。为了推进实践教学，河南大学非常重视各种文物标本的收集，并于1956年成立文物陈列室。
本中心所依托的文物与博物馆学专业于1984年开始招生专科生，1988年按方向招生第一批本科生，1993年正式按专业招生。该专业在招生以来就非常重视实践教学，1984年在文物陈列室的基础上，建成独立的河南大学文物馆，是我国最早的高校博物馆之一，于1986年5月正式对外开放。文物馆占地面积3000平方米，建筑面积1550平方米，收藏文物4387件，其中钱币和瓷器序列最为完整，最富特色。文物馆成立以来，不仅成为河南大学文博专业学生的教学实习和实践基地，也是河南大学进行对外宣传和展示的重要窗口。本专业的培养方案中也明确把博物馆实习和田野考古实习作为必修课来对待，为此开辟了河南博物院、开封市博物馆、郑州市博物馆等博物馆实践教学实习基地和河南省文物考古研究所等田野考古实习基地，参加了郑州小双桥、郑州东里路商城宫殿区、三门峡虢国故城、平顶山应国墓地、焦作府城遗址、新郑郑韩故城遗址等重要遗址的发掘。

第二阶段：2009年〜2011年
         2009年，在中央支持地方建设特色专业实验室支持下，河南大学获得“文物数字化实验室”的立项，财政部共投资450万元，购置了三维扫描仪、广播级数字化摄录一体机、大洋非线性编辑系统等高端设备与系统，建立专业摄影室、编辑室，进行文物和博物馆数字化实验教学和研究工作。

第三阶段：2012年〜至今
        2012年河南大学考古学在一级学科博士点和博士后流站的基础上获批河南省重点学科。同年，在中西部高校综合实力提升工程建设资金支持下，投资1000余万元兴建了包括生物考古实验室、冶金考古实验室、文物保护实验室、考古技术实验室等四个实验教学平台的“考古与文化遗产保护实验教学中心”，购置了扫描电子显微镜、超景深三维显微系统、体视显微镜、材料显微镜、电子全站仪、RTK、X衍射分析仪、便携式X荧光能谱仪等设备。另在河南大学百年校庆之际，学校斥资240万元对文物馆重新装修布展，布置“华夏文明”、“圆方经纬”、“窑火神工”等三个专题陈列和一个“千秋如对”拓片展临时展厅，从而形成更为有利的实践教学环境。在此基础上，考古与文化遗产保护实验教学中心被遴选为河南大学校级实验教学中心。
2014年，河南大学获批中华人民共和国田野考古团体发掘资质，从而可以独立承担考古发掘项目，并获批新乡王门遗址和焦作李屯遗址两个田野考古实习基地，目前共获发掘经费270多万元。
至此，中心既可以满足本科生、研究生在考古、文物与博物馆、文化遗产保护以及其他相关专业的实验教学和实践实训，又可为社会上的考古文博单位进行相关领域的项目研发及社会化服务提供平台保障。