中心实行校院、两级管理和中心主任负责制，配备主任1名、副主任2名，负责中心的管理和运行。中心建立健全了一系列规章制度和措施，规范中心的运行和发展。
一、中心人员管理措施
实验教学中心构建有人员考核制度；实行门禁刷卡考核制度；实行管理责任制；实行仪器设备管理考核制度；制定环境安全、卫生保障章程；明确教学体系要求。
二、仪器设备管理措施
实验教学中心建立了仪器设备保养、维护、维修制度；建立了仪器设备损坏赔偿责任制；建立仪器设备出入库管理制度；建立了实验设备运行维护管理系统，实现了仪器设备运行状况的网络化开放管理。
三、运行经费管理措施
学校对实验中心教学设备费、仪器设备运行维护费、创新开放基金、实验室环境改造费用、教学日常经费等方面提供专项经费；实验教学中心实行专款专用制度；建立了运行经费监督和审核机制。
四、环境安全卫生管理措施
学校主管部门成立了实验环境安全卫生抽查考评方案；实验教学中心建立有环境安全卫生考核考评措施；建立有突发事件应急方案；建立有仪器设备使用培训和安全保障措施。
五、中心教学质量保证
中心要求教师课前1-2 周内认真试做、试讲，实验员做好实验前的准备工作，调试好实验平台。实验中，要求任课教师实时引导学生熟练掌握实践技巧，培养学生养成良好的动手能力。中心主任和校、院两级教学督导组进行课堂抽查，保证实验课程的教学质量。
六、开放运行管理措施
中心建立了开放式实验教学与实验室管理系统，实现了课内外与校内外等多层次的开放式实验教学模式。中心实现实验项目和内容的自主选择，学生通过开放预约制度来选择实验时间和实验内容，从而更便捷高效地开展实验。